คณะสัตวแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีมหานคร ได้ก่อตั้งขึ้นเมื่อ พ.ศ. 2535 โดย ศาสตราจารย์ นายแพทย์ ยงยุทธ สัจจวานิชย์ ได้เชิญ รองศาสตราจารย์ นายสัตวแพทย์ ดร.ดำรง พฤกษราช อดีตอาจารย์หัวหน้าภาควิชาจุลชีววิทยาทางสัตวแพทย์ คณะสัตวแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ เข้ามาเป็นคณบดีท่านแรก โดยมีจุดมุ่งหมายเพื่อช่วยแบ่งเบาภาระของรัฐในการผลิตบัณฑิตทางสัตวแพทย์เพื่อให้เพียงพอต่อความต้องการของประเทศที่มีการเจริญเติบโตและพัฒนาการทางด้านอุตสาหกรรมปศุสัตว์เพิ่มขึ้นอย่างต่อเนื่อง โดยได้เปิดรับนักศึกษารุ่นแรก ปีการศึกษา 2535-2536 จำนวน 10 คน ต่อมาทบวงมหาวิทยาลัยให้การรับรองมาตรฐานการศึกษาตั้งแต่ปีการศึกษา 2540 เป็นต้นไป (ตามหนังสือทบวงมหาวิทยาลัยที่ ทม 0207/6098 ลงวันที่ 7 เมษายน 2541) และสำนักงานคณะกรรมการข้าราชการพลเรือน (ก.พ.) ให้การรับรองคุณวุฒิปริญญาสัตวแพทยศาสตรบัณฑิต (สพ.บ) ตั้งแต่ปีการศึกษา 2540 เป็นต้นไป (ตามหนังสือ ก.พ. ที่ นร. 0708.8/873 ลงวันที่ 15 พฤษภาคม 2541)

• เปิดโรงพยาบาลสัตว์เลี้ยงขนาดเล็กในปี พ.ศ. 2539 และปรับปรุงเพื่อรองรับการเรียนการสอนที่มากขึ้น เป็นโรงพยาบาลสัตว์เพื่อการสอนด้านสัตว์เล็กในปี พ.ศ. 2551
• ก่อตั้งศูนย์ชันสูตรโรคสัตว์เปิดในปี พ.ศ. 2540
• โรงเรือนสัตว์ทดลองขนาดเล็กเปิดในปี พ.ศ. 2541
• มหาวิทยาลัยอนุมัติก่อสร้างอาคาร I และแล้วเสร็จในปี พ.ศ. 2543 เพื่อใช้ในกิจการโรงพยาบาลสัตว์เลี้ยงขนาดใหญ่
• ปี พ.ศ. 2550 คณะฯ จัดงานประชุมวิชาการทางสัตวแพทย์ เป็นครั้งแรก
• ปี พ.ศ. 2551 มหาวิทยาลัยก่อสร้างอาคารเรียน R เพื่อใช้ในการเรียนการสอนของนักศึกษาสัตวแพทย์ และการให้บริการวิชาการ และบริการสังคม
• ปี พ.ศ. 2552 คณะสัตวแพทยศาสตร มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีมหานคร เข้าเป็นสมาชิก Asian Association Veterinary Schoolซึ่งการเป็นสร้างความร่วมมือทางวิชาการสำหรับสถานบันการศึกษาในระดับภูมิภาค
• เปิดหลักสูตร วท.ม. (สาขาวิชาเทคโนโลยีชีวภาพสัตว์) และ สก.อ. ให้การรับรองหลักสูตรตั้งแต่ปีการศึกษา 2552 เป็นต้นไป